Arkivet har ordnats i sex huvudkategorier. Den första serien med beteckningen A, personliga handlingar består av bl.a. pass, betyg och ekonomiska handlingar. Den andra serien manuskript och egna verk B, omfattar olika typer av manuskript. Här kan bl.a. nämnas manuskript till dikter och prosamanuskript. Korrespondensserien med beteckningen C, innehåller familjebrev, brev tillFolke Isaksson från författarkollegor och en allmänhet som har läst Isaksson. I serie D, handlingar rörande arkivbildarens verksamhet, finner man bl.a. material rörande Carl Jonas Love Almqvist, Pariskommunen, Gruppbilder och Poesivandringar (författarporträtt). I serie E hittar man författarens samlingar. Närmare bestämt pressklipps-och fotografisamlingarna. Under kategorin övrigt som betecknas serie F, finns bl.a. studentuppsatser och reseskildringar. Vid ordningsarbetet har största möjliga hänsyn tagits till den inre ordning som rådde vid leveransen av arkivet.